我国历代对“药食同源”及药食界限的认识是一个从模糊到清晰的过程。从药食同源的起源可以看到古人对食物功能的认识层次：首先是无毒，且能够食用，提供基本营养；然后，发现了食物的其他功能：治疗和保健。对食物的治疗之“理”，很早就有相关探索。古人认为食物和药物一样具有性味理论，包括四气五味、归经、升降浮沉等。
四气是指寒、热、温、凉，五味包括酸、苦、甘、辛、咸，这些可能是古人在生活实践中的感知，又赋予了其阴阳五行理论，是功能之理的总结。《黄帝内经》是我国现存的第一部中医经典著作，包括《灵枢》和《素问》两部分，它不但奠定了中医基础理论，还提出了中国传统饮食相关理论，形成了食药的整体理论体系，如四气、五味、升降浮沉、气味厚薄以及毒性等。书中认为食物和药物一样具有五味，并各有所走，如《灵枢·五味》云“愿闻谷气有五味，其入五脏”，《素问·五常政大论篇》中多次提到“食宜同法”、“药以祛之，食以随之”等观点，来说明食物作为药物治病的辅助功能。《黄帝内经》首次按食物的性味将食物归纳于五行中，如《灵枢·五味》云“五味各走其所喜，谷味酸，先走肝；谷味苦，先走心；谷味甘，先走脾；谷味辛，先走肺；谷味咸，先走肾”。该书还提出了五味禁忌的思想，如《素问·宣明五气论》谓“五味所禁，辛走气，气病无多食辛；咸走血，血病无多食咸；苦走骨，骨病无多食苦；甘走肉，肉病无多食甘；酸走筋，筋病无多食酸，是谓五禁，无令多食”，强调五味须调和。
唐代孙思邈在《千金要方·食治》中总结并发展了唐以前医家及《黄帝内经》中有关饮食的理论，如“食有偏性”、“饮食有节”、“五味不可偏盛”等。其后的《食疗本草》在每个食物名下大多注明药性，还有功效、禁忌、单方、应用部位等记载。元代《饮膳正要》在卷二中分条目介绍了“四时所宜”、“五味偏走”、“服药食忌”、“食物利害”、“食物相反”、“食物中毒”等，强调了食物的偏性和禁忌。因此，古人探索食物的性质理论反映了药食同源、药食同功、药食同理。
